Từ khi quân Tây Sơn đi khỏi, Vua Chiêu Thống vẫn áy náy về cái ách họ Trịnh cho nên những quan chế do Trịnh phủ đặt ra, nhà Vua nhất thiết đổi đi cả, định dùng một ngọn bút mà xóa nhòa dĩ vãng. Vì theo ý ấy nên những chức của Trịnh phủ như Tham tụng, Bồi tụng, Thiêm sai, Lục phiên… đều đổi làm Bình chương, Đồng bình, Chương sự, Thiêm sự, Lục bộ… Sự cố gắng của nhà Vua lẽ tự nhiên là không có kết quả. Vì, trong khoảng 200 năm nhiếp chính, họ Trịnh đã nảy ra những mầm gốc rất kiên cố ở Bắc Hà. Những mầm gốc ấy là hàng vạn gia đình đời dời lập nên công nghiệp và hưởng những bổng lộc của Trịnh phủ. Muốn trừ được mầm gốc ấy, thế tất phải có một cơn giông tố lớn làm rung chuyển cả xã hội Việt Nam. Nhưng Vua Chiêu Thống không phải là người gây ra và làm chủ được những cơn giông tố như vậy thì những việc hợp với tự nhiên thế tất phải xảy ra. Trên đây mới là việc tranh vị, dưới này sẽ là việc tranh quyền. Sự tranh giành đó cố nhiên không phải do Trịnh Bồng gây ra. Vì Bồng cũng chỉ giữ một hư vị như nhà Vua mà quyền ở cả bọn cường thần ngu dốt, danh là phục hưng nhà Chúa, nhưng sự thực là cầu lấy một chút tư lợi. Người tranh quyền cho nhà Chúa là Thạc quận công Hoàng Phùng Cơ, viên tướng bị thua quân Tây Sơn ở bến Thúy Ái. Sau khi đã bỏ bảy người vừa con, vừa rể ở sa trường, cơ chạy lên Hưng Hóa, nương nhờ một người thổ tù là Đinh Công Hồ. Quân Tây Sơn đi hỏi, Vua Chiêu Thống cho triệu, Cơ lập tức mang quân về đóng ở Trường bắn, còn mình thân vào chầu Vua trước và hầu Chúa sau. Công chúng thấy Cơ cử chỉ như vậy cho là Cơ đứng về phe Vua, tất phản với Nhưỡng về phe Chúa, không bao lâu nữa kinh thành sẽ diễn ra một cuộc tàn sát giữa hai người. Có kẻ nhát gan đã phải tìm nơi ẩn tránh. Trịnh Bồng sợ cơ chống với mình nên hết sức mua chuộc và Nhưỡng cũng mượn người đút lót để lấy lòng Cơ. Một kẻ bộ hạ của Thạc quận là Nguyễn Liễu thấy chủ phân vân, không biết thuận về chiều nào thì khuyên Cơ nên hợp với Nhưỡng, bỏ Vua mà giúp Chúa. Cơ đáp: - Người chịu khó nhọc mới làm nên được một mâm cỗ ngon. Ta vừa đến, thò đũa vào gắp ngay thì coi sao được? - Nay Vua đã phong vương cho Chúa rồi, nhưng giữ cả lấy chính quyền, thành ra Chúa cứ ngồi suông, dù cậy răng cũng không dám nói nửa lời. Trong chính phủ không ai đề xướng việc này lên trước. Vậy phi ông thì không xong. Cổ lục có câu: “Mưu việc thì dễ, nên việc thì khó.” Nếu ông chịu đương lấy cái khó nhọc ấy thì công nghiệp phỏng có kém gì Đinh Tích Nhưỡng? - Nhưng làm thế nào bây giờ? - Trước kia, Nhưỡng có hội các quan bàn xin phong vương cho Chúa. Nay ông cũng hội các quan lại, nhưng là để bàn định về chức vị của các quan, rồi cũng tâu xin với Vua. Nhà Vua dù muốn không cho, cũng không được. Thạc quận nghe lời, liền đặt thư đi mời các quan đến họp tại công đường bộ Lễ. Trong thư có câu: “Nay sông núi y nguyên, vua chúa như cũ. Nhưng kỷ cương đổ nát, triều chính rối ren. Các quan văn võ có lẽ ngồi yên, khóa miệng hay sao? Vậy xin đúng ngày đến họp bàn, rồi sẽ tâu xin vua chúa ban lệnh thi hành cho ra thể thống.” Coi tờ đạt, dân đô thành lại càng tin rằng Thạc quận tất vì nhà Vua mà đáp lại cuộc hội họp của Liễn quận (Đinh Tích Nhưỡng) ở cung Tây Long. Đúng hẹn, Thạc quận mang quân từ Hoàng thành ra, Liễn quận cũng kéo quân từ Vương phủ đến. Công chúng cho rằng cuộc giao chiến đã đến nơi rồi. Nhưng khi họp mặt, hai người tỏ ra rất thân thiện với nhau, thì người ngoài lại ngờ là Liễn quận đã mắc mưu Thạc quận. Khi các quan đã đến họp đông đủ cả, Thạc quận khai mạc bằng mấy câu sau: - Chúa lập lên đã hơn một tuần nay mà chính sự của chiều đình vẫn chưa nên mối manh gì cả. Các quan có ý kiến gì thì nói ra, để cùng làm tờ tâu, xin Vua thi hành cho ra thể thống. Một quan văn trẻ tuổi là Ninh Tốn nhanh nhảu nói: - Sáng nghiệp về trước quyền ở nhà Vua , trung hưng về sau quyền ở nhà Chúa. Nhưỡng thừa thế, hỏi vặn: - Nay sáng nghiệp về trước hay là trung hưng về sau? Tốn đáp: - Tôi nói thế là tỏ ra rằng chúng ta hiện ở sau hồi trung hưng. - Có phải thế, ông nên nghị trước đi. - Vua chúa chung quy vẫn là một mói. Tên các quan chức tuy Vua đã sửa đổi, nhưng cũng nên dung hòa với những tiếng đã dùng quen. Vậy nên cho chức Bình chương kiêm chức Tham tụng, Tham tri kiêm Bồi tụng, Thiêm thư kiêm Thiêm sai, Cấp sự kiêm Tri lục phiên. Chức Trưởng phủ, Thự phủ thì gia thêm ấy chữ nữa gọi là Tả hữu Đô đốc. Còn Nghị sự đường ở cửa phủ thì tai mắt thiên hạ đã quen, xin cứ giữ nguyê như cũ. Bao nhiêu chính sự trong triều thì cũng cứ theo lệ trước gửi Chúa, rồi sau sẽ tâu Vua. Liễn quận thấy Ninh Tốn có ý tôn trọng nhà Chúa mà bỏ Vua thì mừng lắm: - Người ta khen ông giỏi về từ Hàn, quả không sai! Lập tức sai Ninh Tốn làm tờ tâu theo đúng những danh từ vừa kể trên. Đinh Tích Nhưỡng sợ vào chầu thì trái lời hứa với nhà Vua khi trước nên cáo về. Bọn quan võ cũng đi theo. Duy có bọn quan văn cùng với Thạc quận xin vào bệ kiến Vua Chiêu Thống. Thoạt đầu, nhà Vua tưởng Thạc quân thiên về mình thì có ý mừng, nhưng đọc tờ tâu biết rằng viên tướng già này cũng về phe với Đinh Tích Nhưỡng thì tức giận nói: - Đã là Tham tụng, Bồi tụng thì còn đeo thêm những chữ Bình chương, Tham tri là gì? Là Chưởng phủ, Thự phủ thì hà tất phải thêm Tả hữu Đô đốc? Các ngươi chỉ bày trò ra để dối Trẫm như dối con nghề. Phép thờ Vua đâu có thế. Thạc quận vốn có lòng nể Vua Chiêu Thống, thấy nhà Vua quở trách thì lo sợ, không dám nói gì cả, chỉ rập đầu tạ tội. Ninh Tốn tiến lên, tâu: - Hiện nay ngoài thành chỗ nào cũng là chiến trường cả. Lòng người xao xuyến mà chính sự trong triều cứ phân vân mãi thì xã tắc khó yên. Phạm đến uy Bệ hạ, chúng tôi lấy làm sợ hãi vô cùng. Xin Bệ hạ soi xét cho. Nhà Vua quát mắng: - Chiến trường ở ngoài thành tự ai gây ra mà đổ lỗi tại ta? Chẳng nên nói lắm làm gì vô ích. Các ngươi đã cậy đông người mà ăn hiếp ta thì cứ tự tiện mà làm, xin làm gì nữa? Thạc quận nghe nói, sợ hãi, lưng toát mồ hôi, không dám kêu nài gì nữa, chỉ quỳ phục ở sân điện cho đến khi trời tối, cũng vẫn chưa dậy. Nhà Vua tự liệu rằng bọn Thạc quận đã cố xin thì dù không cho cũng chẳng được nào nên phải chuẩn y, nghĩa là trả lại cả chính lẫn binh quyền cho họ Trịnh, theo đúng khuôn mẫu từ hai trăm năm về trước. Cuộc “phù Lê diệt Trịnh” của Nguyễn Huệ cũng như chế độ “nhất thống” của Nguyễn Hữu Chỉnh chung quy chỉ là một giấc chiêm bao. Vua Chiêu Thống tuy lưu luyến nó, nhưng tự nó đã chuyển sang Trịnh phủ, do khối óc hẹp hòi của mấy viên quan võ. Được nhà Vua ưng chuẩn, Hoàng Phùng Cơ sung sướng như giật được võ công lớn nhất trong đời. Ngay hôm sau, Thạc quận họp các quan ở Vương phủ để bàn việc gán chức và chia quan: Tứ Xuyên hầu Phan Lê Phiên được cử vào chức Bình chương kiêm Tham tụng; Kế Liệt bá Bùi Huy Bích, Khuê phong bá Phan Huy Cẩn, Đồng bình chương sự kiêm Bồi tụng. Hoàng Phùng Cơ được phong làm Trung quân Đô đốc phủ tả Đô đốc chưởng phủ sự, tước Thạc Vũ công; Đinh Tích Nhưỡng, Đông quân Đô đốc phủ hữu Đô đốc thự phủ sự, tước Liễn quận công. Bọn Ngô Trọng Khuê và Ninh Tốn cùng làm Tham tri; Phan Huy Ích thì Lục khoa cấp sự trung kiêm Thiêm sai lục phiên. Sắc mệnh thảo xong, dâng lên vua Lê. Nhà Vua nhất thiết chuẩn y, không sửa chữa qua một điều nào cả. Nhưng Phan Lê Phiên và Bùi Huy Bích quả quyết khước từ. Duy có Phan Huy Cẩn nhận chức, song cũng chỉ ngồi làm vì; mọi việc đều ở hai tay viên quan võ là Hoàng Phùng Cơ và Đinh Tích Nhưỡng. Chính quyền đã từ Hoàng thành chuyển sang Vương phủ thì Vua Chiêu Thống cũng không thể hành động gì hơn được các vua Lê khác, bắt đầu từ Trang Tôn và sau rốt là Hiển Tôn. Lộc của nhà Vua lại thu hẹp trong một nghìn xã; nhà Vua định làm việc gì thì Trịnh phủ tìm cớ thoái thác để ngăn ngừa. Bị ức chế một cách quá đáng, Vua Chiêu Thống liền phái người đi mộ ngầm quân lính, danh là bảo vệ Hoàng thành, nhưng sự thực là để chống nhau với Chúa Trịnh. Theo lệ cũ, trong nội điện họ Trịnh vẫn đặt một chức “phụ tá”. Yến Đô vương liền lấy một vị hoàng thân về phái mình làm chức ấy để dòm nom công việc của nhà Vua. Vua Chiêu Thống bất bình, bảo với vị hoàng thân kia: - Trẫm vừa cho Yến Đô vương làm Chúa, ngồi chưa nóng chỗ mà đã định kiềm chế Trẫm rồi. Thôi ông hãy về bảo với Chúa rằng Chúa sai ông sang giúp Trẫm, nhưng Trẫm không cần đến, vậy hãy trả ông về mà giúp Chúa. Hoàng thân sợ mà lui ra. Nhà Vua lại bảo tả hữu: - Các ngươi đừng sợ. Hễ người ấy trở lại thì chặt chân hắn đi. Mối hiềm khích giữa Vua và Chúa bắt đầu từ đấy. Và cái nguyên nhân diệt vong của họ Trịnh cũng ở đấy. Nguyên trong số bầy tôi mới của Yến đô vương có một nhà nho rất gian hoạt là Dương Trọng Tế, xưa theo Trịnh Lệ, nhưng lại phản Lệ mà về với Yến Đô vương. Sợ Vua Chiêu Thống trị cái tội khi quân khi trước, Trọng Tế bàn với Trịnh Bồng: - Chữ “nhất thống” là do miệng Cống Chỉnh nói ra, không còn vô lý gì bằng. Xưa kia chính quyền ở Chúa mà tế tự ở Vua. Thế cũng là nhất chứ nhị thống bao giờ? Nay gặp khi hoạn nạn, nhà Vua đã không biết hợp với nhà Chúa mà cùng lo liệu thì chớ, lại còn cầu cho nhà Chúa bị tai hại để cầu an toàn lấy một mình. Còn bọn triều thần thì như Phan Lê Phiên chẳng hạn, chịu uốn gối dưới chân giặc mà chỉ biết có Vua chứ không biết có Chúa. Như vậy dù thiên lý hay nhân tình cũng không tài nào dung được. Ngày trước Chúa thượng về chậm nên tôi phải theo Trịnh Lệ. Nếu Chúa thượng về sớm chút nữa thì tôi quyết không dung bọn hàng giặc kia. Vả trong tôn phái nếu muốn kén một người làm Vua cũng chẳng khó gì. Vua này đã do Tây Sơn lập ra thì cũng nên cho theo Tây Sơn mới phải. Yến Đô vương cho lời Trọng Tế là phải nên mật mưu định vây Hoàng thành, bắt các thị thần mà giết đi, rồi bỏ Vua Chiêu Thống, lập người khác. Mọi việc xếp đặt xong, liền sai học trò Trọng Tế là Nguyễn Mậu Nhĩ mang quân đến đánh vào mặt trước Hoàng thành. Còn Nhuận trạch hầu là Bùi Thời Nhuận thì từ cửa An Hoa vào đánh tập hậu. Nhà Vua biết, liền sai hoàng thân chia giữ các cửa. Mậu Nhĩ cưỡi voi đi đầu, dẫn quân vào cửa Đại Hưng, thanh thế rất mạnh, tưởng rằng chỉ trong chốc lát thì hạ được Hoàng thành. Không ngờ từ cửa Đông Hòa, Hoàng Phùng Cơ đã cưỡi voi chạy lại. Thạc quận tuốt gươm trỏ vào mặt Mậu Nhĩ nói: - Mày muốn toàn đầu thì lập tức phải thu quân về. Không thế tao hãy chém đầu mày, rồi bắt đảng mày mà giết hết. Thạc quận vốn ghét Trọng Tế, lại cũng không ưa những việc đại nghịch. Vả Thạc hiện kiêm chức Chánh đề lĩnh, có nhiệm vụ canh giữ Hoàng thành, nếu để việc xảy ra thì chính mình cũng không khỏi mang tiếng là đồng phạm. Vì vậy, khi nghe tin Mậu Nhĩ mưu phản, Thạc quận phải vội đến ngay. Vốn biết Thạc quận là một danh tướng khói lòng địch nổi, Mậu Nhĩ chịu phải rút lui. Nhuận trạch hầu không thấy phía trước hành động thì tự kéo quân về nội điện thành ra vô sự. Khi biết rõ việc này, Vua Chiêu Thống tức giận bảo cac quan. - Đảng ác mỗi ngày một nhiều. Mối loạn khó trừ được, có lẽ Trẫm phải gọi Nguyễn Hữu Chỉnh ra dẹp mới xong.